A UFSC é a pioneira no curso de Ciências Contábeis em Santa Catarina. Além de possuir uma tradição de mais de quatro décadas, o curso é classificado como um dos melhores do país, segundo avaliação da Revista do Estudante.

O futuro profissional formado pela UFSC torna-se capaz de orientar estratégias empresariais, realizar auditorias e perícias, prestar assessoria e controlar o fluxo financeiro de uma empresa.

O curso diurno tem duração de quatro anos e o noturno, cinco. A diferença é apenas na distribuição das matérias. No período noturno a carga horária semanal é menor e por isso o curso se estende por mais um ano. O Ministério da Educação aprovou em 2004 a implantação do Mestrado em Ciências Contábeis, e a UFSC se tornou a primeira instituição pública do sul do país a oferecê-lo.

Desde as primeiras fases o estudante lida com conceitos teóricos da área em disciplinas como Contabilidade Geral, Tributária, Gerencial e Pública, Jogos de Empresas e Legislação Tributária. Nas disciplinas optativas o aluno pode optar por temas mais específicos, como Contabilidade Rural, Industrial e Previdenciária.

O programa também incentiva a busca de uma formação contínua, desde o início, pela participação em projetos de extensão e monitoria. Sob a orientação de professores, os estudantes prestam assessoria a órgãos públicos, entidades ou empresas privadas, e aprendem como melhor gerenciá-las.

O estudante tem acesso aos laboratórios de Informática Aplicada à Contabilidade e ao de Atividades Práticas, que simulam situações comuns no exercício da profissão. O curso ainda oferece o Laboratório de Gestão Contábil da Informação (LabGCI) e vários núcleos de pesquisa, dentre eles o Núcleo de Indicadores Contábeis Brasileiro (NICb) e o Núcleo de Estudos em Auditoria (NEAUD), nos quais os alunos podem iniciar atividades de extensão e de pesquisa. Outro espaço em que o aluno pode atuar é na Empresa Júnior do Centro Sócio-Econômico da UFSC, que presta assessoria a pequenas e médias empresas.

Ao concluir o curso, o aluno deverá se submeter ao Exame de Suficiência do Conselho Federal de Contabilidade para obter o registro profissional. Desde a implantação do Exame, em 2000, a UFSC é a universidade que tem mais alunos aprovados.